De voortplantingsorganen van het konijnen vrouwtje worden als primitief gezien. Het twee-hoornige systeem komt alleen bij monotremen (ei-leggende zoogdieren) en lagomorphen (hazen, konijnen en piká's) voor. De voortplantingsorganen worden door een grote band (ligament) op zijn plaats gehouden, die op vier punten onder de wervelkolom bevestigd is.
Het vastleggen van het geslacht gebeurd tijdens de embryonaire fase, op de 16e dag na de bevruchting. De eierstokken ontwikkelen zich uit een massa cellen die zich nabij de testikels bevinden. De ontwikkeling van de eierstokken gaat gepaard met het degenereren van de mannelijke testikels.
De ontwikkeling van eicellen gebeurt ongeveer vanaf de 21ste dag en zal doorgaan tot de geboorte, rondom de 30ste dag. De eerste follikel (de 'zakjes' waarin de eicellen rijpen) ontwikkelt zich 13 dagen na de geboorte.
De ontwikkeling van de eierstok begint rond de 21ste dag na de geboorte en gaat door tot de 30ste dag. De eerste eicellen beginnen zich pas na 13 dagen na de geboorte te ontwikkelen.
De voortplantingsorganen van het vrouwelijke konijn zijn dubbel: de baarmoeder (uterus) is gesplitst in twee onafhankelijke hoorn vormige gedeelten, die gescheiden zijn over de gehele lengte (ongeveer 7 cm). Elke hoorn heeft zijn eigen cervix (baarmoederhals).
De eierstokken, ellips vormige lichamen van ongeveer 1 1,5 cm, zijn aan het einde van elke uterus te vinden, net onder de nieren. Ze zijn in het mesometrium (= peritoneaal dubbelblad aan weerszijden van de uterus) en in de vet reserves verstopt.
De vagina presenteert geen bijzonderheden. Dit gedeelte van het voortplantingsorgaan is groot, met de urethra (= urinebuis) die zich ter halve hoogte van de vagina aansluit. Aan het einde van de vagina bevinden zich de Bartholin en voorhuid klieren.
De leeftijd waarop het konijn tot (seksuele) voortplanting in staat is houdt verband met het ras en de grootte van het konijn; kleine tot middelgrote konijnen tussen 4 en 6 maanden volwassen; grotere soorten worden pas tussen 5 en 8 maanden volwassen. In het algemeen wordt een konijn volwassen beschouwd als het 75 tot 80% van zijn uiteindelijke gewicht heeft aangenomen.
Vrouwelijke konijnen hebben geen periodieke bronsttijd. In tegenstelling tot andere huisdieren zoals katten en honden. Vrouwelijke konijnen zijn voortdurend in staat te paren en hebben een reflex eisprong. Dit betekent dat de ovulatie alleen veroorzaakt wordt, als er stimulatie is door geslachtsgemeenschap, waarop ovulatie 9 tot 13 uur na het paren plaats vindt.
Toch bestaat er een zekere cyclus. De aanwezigheid van oestrogeen beïnvloedt de taille en de kleur van de vaginaopening. De meeste vrouwtjes zijn ontvankelijk voor een mannetje en om paren als de opening rood/paars is, en weigeren als deze bleek en klein is. Toch is dit geen duidelijk teken, sommige vrouwtjes paren ten alle tijden.